三、第三次南巡，策定新的治河方略。
自康熙二十九年（1690年）至三十六年（1697年），康熙帝主要集中精力平定噶尔丹的叛乱。在这几年中，河工人事变更频繁，总河一职十次易人，除靳辅外，其余九人皆不得力，造成河工日趋败坏。
康熙三十八年（1699年），康熙帝第三次南巡。二月二十八日，康熙帝视察黄河南岸归仁堤、高家堰等处堤工，他对诸臣说：“治河上策，惟以深浚河身为要。河底浚深，则洪泽湖水直达黄河，兴化、盐城等七州县无汎滥之患，田产自然涸出。若不治源，治流终无裨益。今黄、淮交会之口过于径直，应将河、淮之堤各迤东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄不致倒灌矣。”［22］康熙帝颁《修浚清口诏》［23］、《巡视河湖酌定应办工程诏》［24］，具体制定了新的治河方案：（一）深浚河身。康熙帝指出：“朕留心河务，体访已久。此来沿途坐船外审视黄河之水，见河身渐高，登堤用水平测量，见河面高于田。清口、高家堰则洪泽湖水低，黄河水高，以致河水逆流入湖，湖无从出，泛滥于兴化、盐城等七州县，此灾所由生也。治河上策，惟以深浚河身为要。……诚能深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛滥之患，民间田产自然涸出。不治其源，徒治下流终无益也。”（二）筑挑水坝。康熙帝诏曰：“宜将黄河南岸近淮处河堤东延二三里，筑令坚固，淮水近河之堤亦拓筑使之斜行，会流则黄河之水不致倒灌入河矣。”（三）开陶庄引河。康熙帝命：“挑引从惠济祠后入河，而运河再向东斜流入惠济祠交汇，黄水自然不倒灌。”（四）浚直河道。康熙帝谕：“宜于清口西，数曲处试行浚直，河直则溜自急，溜急则沙自刷而河自深。”（五）拆除拦黄坝。康熙帝命从速拆除云梯关附近的拦黄大坝，浚直海口河道，使黄河直流入海，增强水势，冲刷泥沙。
康熙帝建瓴既毕，作《阅河》［25］诗示河臣。
诗曰：
淮黄疏浚贵经营，跋涉三来不惮行。
几处堤防亲指画，伫期耕凿乐功成。
初二，以被淹地方米价高昂，百姓生计困顿，康熙帝命截流漕粮十万石，分发高邮、盐城、宿迁等十二州县平粜，再截留十万石储存淮安、扬州。康熙帝历扬州、苏州、杭州、江宁等地。回銮时，经扬州，二十五日御舟泊淮安，渡黄河，乘小舟沿途视察新埽。
五月初二，康熙帝命两江总督张鹏翮扈从入京。十七日，返抵北京。几天后，康熙帝对大臣说：“朕历巡江浙，所过州县，察其耕获之盈虚，市俚之赢绌，视十年前，实为不及。此由地方有司奉行不善，朝廷恩泽卒未下及。”［26］于是命截留漕银，赈济并宽免积欠钱粮。
是年九月，康熙帝以河道总督于成龙所绘河图示大学士等，他指出“今四海太平，最重者治河一事，朕前巡视，知水之不治，由洪泽湖水势过大，既不能泄，又加黄运两河合并，势愈浩瀚，以致泛滥。”［27］康熙帝作出了改修河道，使黄河河身稍向北移，淮水得以畅流的决策。他指出：“靳辅、董安国、于成龙但知筑堤御水，至于改河身使北，俾清水通流，并未言及。若不令清水通流，虽修堤筑岸，黄水终致倒灌，焉能御之？”
［28］
康熙帝制订的新的治河方略，于第二年由新任河道总督张鹏翮开始贯彻实施。首先拆除拦黄坝，深挖入海河道。旬日之间，河床深了三丈，宽了二十多丈，河水滔然入海，沛莫能御。［29］到四十年（1701年）底，其他各项工程也陆续完成。次年夏，黄河又发生了特大洪害，这次大水是对新修诸项工程的严峻考验，康熙尤其关注。大水旬月不下，康熙命张鹏翮日夜守在河堤上。清口附近新修的挑水坝（今康熙御坝），在夏秋险情中，逼黄河大流直趋陶庄引河，循北岸而行，淮水从清口畅流敌黄，绝无黄水倒灌之患；洪泽湖高家堰堤工，几度发生险情，经加紧防守，终于挡住了咆啸的洪峰，经受了考验；其他工程也大都经受住了洪水的挑战，徐州至海口黄河西岸堤坝、山阳至邵伯运河西岸堤坝屡发险情，民工冒雨抢修，总算没发生往年的决堤大患。这次洪灾，仍有洪泽湖上游河堤被冲毁，但灾情较往年小得多。各项工程经受住洪水的考验，令康熙帝十分高兴。
四、第四次南巡，河工初步告成。
康熙四十二年（1703年）正月十五至三月十五日，康熙帝以河工即将告成，进行第四次南巡。
二月初四，康熙帝御舟入清口，阅视天妃闸、御坝，颁《奖勉河臣诏》对河道总督张鹏翮及在河各官亲加奖勉，谕吏、工二部对总河以下各官“详加议叙具奏”。［30］康熙帝还亲视陶庄引河，谕使引溜清口。阅视减水坝，申谕不可迎溜，防夺河洪。阅鲍家营，指授开浚引河，清江以安。阅中河口，命移建于扬庄，康熙帝谕河道总督张鹏翮曰：“仲庄清水出口逼溜使南，运口有碍，应将陶庄以下扬家庄处酌挑引河，令中河从此出口。”［31］时清水出仲家庄，每当黄河暴涨，直射南岸，运口之灌在所难免，中河口门既移，则运口无患矣。
康熙帝制《河臣箴》于舟中，御书赐予河臣张鹏翮。《河臣箴》曰：“自古水患，惟河为大。治之有方，民乃无害。禹疏而九，平成攸赖。降及汉唐，决复未艾。渐徙而南，宋元滋溢。今河昔河，议不可一。昔止河防，今兼漕法。既弭其患，复资其力。矧此一方，耕凿失职。泽国波臣，恫鳏已极。肩兹巨任，曷容怠佚。毋俾金堤溃于蚁穴，毋使田庐沦为蛟窟。毋徒糜国帑而势难终日。毋虚动畚筑而功鲜核实。务图先事尽利导策，莫悔后时饬补苴术。勿即私而背公，勿辞劳而就逸。惟洁清而自持，兼集思而广益。则患无不除，绩可光册。示我河臣，敬哉以勖。”［32］
康熙帝过清江浦，幸清宴园，御笔题写“澹泊宁静”匾额赐张鹏翮。张鹏翮将其泐石成碑，今碑石尚存。
康熙帝历扬州、镇江、苏杭、杭州、江宁等地。回銮途中，三月初二，康熙帝再次视察高家堰堤，驻关帝庙。次日继续视察河堤，命河道总督张鹏翮将堤岸单薄、桩木渐朽、土石残缺各处立即修筑。
康熙帝一路巡视，见河工初步告成，欣然命笔作《览淮黄成》［33］诗一首。
诗曰：
殷勤久矣理淮黄，几度风尘授治方。
九曲素称天下险，四来实为兆民伤。
使清引浊须勤慎，分势开流在不荒。
虽奏安澜宽旰食，诫前善后奠金汤。