武德元年八月，薛举病殁，薛仁杲嗣位。

李世民对于前次兵败耿耿于怀，自请出师，得到李渊允准。

这次李药师没有随行，因为李药王去世了。

社稷板荡时期，所有官兵照例夺情起复，移孝作忠。

虽然不得守孝，但丧礼总得备办。

李药师、李客师得到三十六日丧假，携眷赶回昆明池。

他们兄弟感情笃厚，却也只能节哀尽礼，将李药王的棺椁暂厝于昆明池南的山麓。

李药师虽然不在身边，李世民仍与他书信往还。

西秦军的优势在于素有“陇西铁骑”之誉的骑兵，骑兵的根本则在良马。

西魏、北周以至隋代，主要的养马牧场都在陇西，这里自然拥有最优秀的骑兵。

不过这方面唐军也不遑多让，北朝诸代都将陇西幼驹迁至关中，调教训练之后供朝廷使用。

李药师在隋代曾经任职驾部，对此非常清楚。

西秦军的劣势则在兵力。

薛举号称三十万大军，但陇西诸郡合计仅八万户，四十万口。

纵使极限动员，也不过八万人马。

西秦西方必须防御西凉李轨，还得留守其根据地折墌城，因此能够出师东方的，顶多两、三万兵员。

所以前次，殷开山才会因为敌军不如预期之众而执意出击。

不过这方面唐军同样窘困。

当时李渊麾下大约二十余万兵员，必须同时顾及太原、潼关、河东、山南等前线，还要守御长安。

因此能让李世民带往陇西的，也只有两、三万人马。

西秦军与唐军的最大差异在于粮秣。

隋代六大粮仓中，华州的永丰仓在李渊入长安后就由唐军掌控，陕州的常平仓在屈突通归降之后也进入唐军势力范围。

然而薛举起兵，靠的只是陇西的地方仓储。

因此李唐的财经状况，大大优于西秦。

分析敌我形势，李药师认为前次李世民的战术完全正确。

西秦粮秣不济，兵将靠的是一股锐气，过于急躁，缺乏耐心。

薛举时期已是如此，薛仁杲性格比他父亲更为酷烈，也更禁不起持久拖延。

于是李世民郑重告诫随行诸将，对方前次大胜，必定轻敌好斗，然而骄兵必败。

我军此时须筑深沟高垒，坚壁清野，以挫其锐气。

待敌方气衰，然后奋击，必可一战而破。

因此严令：“敢言战者斩！”

如此，两军相持将近三个月。

薛仁杲御下苛虐，暴勇无谋，时间一久，粮饷不济，非但士卒脱逃，甚至手下官吏都率众归降李唐。

此时唐军待战已久，李世民一声出击，劲卒快马奋勇酣战，大破西秦军于浅水原。

这年十一月，李世民率军直捣折墌城，擒缚薛仁杲而归。

薛仁杲伏诛，陇西遂平。

在李世民与薛仁杲对峙的两三个月中，“天下”局势丕变：李密归降李唐，这代表东都出现极大变化。

当初李世民接到李渊撤军的命令，依李药师之计大败段达，抽身返回长安。